Miami

Pada 31 Ogos 2015, Nesta diperkenalkan sebagai ketua jurulatih pasukan baru tertubuh, Miami FC yang bertanding di North American Soccer League (NASL) pada April 2016.[58] Setelah menamatkan kempen di tangga ketujuh liga, Miami FC menduduki tangga pertama pada musim kedua Nesta sebagai jurulatih dengan menjadi juara musim bunga dan luruh. Walau bagaimanapun, dalam pusingan playoff, pasukannya dikecewakan oleh New York Cosmos menerusi penentuan penalti pada aksi separuh akhir.[59] Beliau meletakkan jawatan sebagai jurulatih seusai musim 2017 pada 17 November.[60]

Perugia

Pada 14 Mei 2018, Nesta telah dilantik menjadi pengurus kelab Perugia.[61] Selepas mengalami kekalahan 4-1 kepada Verona dalam pusingan playoff ke Serie A]], Nesta berpisah dengan Perugia pada 21 Mei 2019.[62]

Frosinone

Pada 17 Jun 2019, Nesta telah dilantik sebagai pengurus Frosinone dengan kontrak selama dua tahun.[63] Pasukannya menamatkan kempen 2019-20 di tempat kelapan liga dan berjaya ke playoff. Frosinone tewas dalam aksi final playoff kepada Spezia dengan keputusan seri 1-1. Walaupun terikat seri, tetapi pasukan lawan lebih mempamerkan prestasi yang baik ketika kempen musim.[64] Pada 22 Mac 2021, Nesta telah dipecat.[65]

Reggiana

Pada 13 Jun 2023, Nesta telah dilantik sebagai pengurus Reggiana dengan kontrak selama setahun.[66]